这次污染源普查工作总的指导思想是：以邓小平理论和三个代表重要思想为指导，全面贯彻落实发展观，认证贯彻第六次全国环保大会国务院《通知》精神，把普查工作和健全环境统计、监测、评价体系结合起来，完善方案、创新方法，全面调查、突出重点，先行试点、有序推行，严格纪律、保证质量，努力掌握更加科学、更加全面的污染源情况，为防治环境污染、促进经济社会又好又快地发展提供客观详细的环境信息。