国务院第一次全国污染源普查领导小组（以下简称国务院普查领导小组）负责普查的组织和实施工作。国务院普查领导小组办公室设在国家环保总局，负责普查工作的业务指导和督促检查。

    地方县级以上人民政府要设立行政区域污染源普查领导小组及其办公室，按照国务院普查领导小组及其办公室的统一规定和要求，负责组织实施本地区的污染源普查工作。

    普查中，可在接到办事处、乡镇政府、居民委员会、有关教育单位临时聘用部分普查员。

    普查工作在国务院普查领导小组统一领导下，加强部门分工协作。国家环保总局牵头会同有关部门开展全国污染源普查工作，负责拟定全国污染源普查方案和不同阶段的工作方案，制定有关技术规范，组织普查工作试点和培训，负责污染源的监测，对普查数据进行汇总、分析和结果发布，组织普查工作的验收。领导小组其他成员单位参与编制和审议污染源普查方案及各阶段工作方案，并按照部门职责分工，负责指导和督促检查地方污染源普查工作，推动本系统参与污染源普查工作，协调落实相关事项。